La propia doctrina del exterminio fue inculcada a los militares por la Iglesia. Los sucesivos presidentes de la Conferencia episcopal, Antonio Caggiano y Adolfo Tortolo fueron al mismo tiempo titulares del Vicariato Castrense, que luego se convirtió en Obispado. En las dos décadas previas al golpe, ambos invitaron a la organización integrista Ciudad Católica a predicar a los cuadros de las tres armas en sus propias unidades que todo estaba permitido en el combate por Dios y por la Patria,(sic). El fundador de la organización Juvenil Tacuara y tardío sacerdote Alberto Ezcurra Uriburu sistematizó a pedido de Tortolo los conceptos que el Vicario Castrense había utilizado para defender la tortura ante el Episcopado: o sea que el estado no debía fijarse límites legales ni morales, y quienes reclamaban por los desaparecidos servían al marxismo (?).

El escolástico español Francisco de Vitoria dijo que en una guerra justa, que es aquella librada sobre los principios del Evangelio y del Orden Natural, nada se opone a que los prisioneros que se han rendido puedan ser muertos si son culpables.( Pero qué prisioneros?). Con la bibliografía del Ejército Colonial Francés, Ezcurra afirma que en la denominada guerra revolucionaria, «la Universidad, la Justicia, los medios de la lucha psicopolítica son frente de combate tanto en el monte como en la sierra».

El Arzobispo de Córdoba, luego presidente del Episcopado, Cardenal Raíl Francisco Primatesta anticipó que el «remedio sería duro», porque la «mano izquierda de Dios es paternal, pero puede ser pesada». Por izquierda pasó a ser la forma común para reprimir la represión clandestina. El Comandante de Operaciones Navales informó a la plana mayor de las unidades de la principal base de la Armada que los prisioneros serían arrojados al mar. Dijo que ese método había sido aprobado por la jerarquía eclesiástica como una «forma cristiana de muerte».(?). Para justificar los asesinatos clandestinos, altos oficiales del Ejército y de la Armada explicaron que el Vaticano no hubieran permitidos juicios y fusilamientos masivos.

La conducción del Episcopado asistió a la asunción presidencial de Jorge.R.Videla y los obispos de cada provincia acompañaron en la jura por Dios y los Santos Evangelios a los respectivos interventores militares. Monseñor Tortolo parangonó la intervención castrense con la resurrección de Cristo (nada menos) y dijo que, ante la subversión debían tomarse medidas violentas. Victorio Bonamin por su parte expresó que los militares eran soldados del Evangelio dispuestos a sacrificarse dando la vida por sus hermanos a ejemplo de Cristo».

En Mayo de 1976 la Asamblea Episcopal comenzó su primer encuentro posterior al golpe con un informe de cada obispo sobre las detenciones de trabajadores, los secuestros las torturas y los asesinatos producidos en sus respectivas diócesis, incluyendo la persecución a sacerdotes y el hostigamientos a un par de obispos, que pronto morirían en accidentes sospechosos. Diecinueve obispos plantearon difundir esas atroces noticias, pero treinta y ocho se opusieron. Esos dos tercios decidieron encubrir los crímenes y emitir un documento de compromiso. En la carta pastoral, «País y Bien Común», sostuvieron que el estado debe ejercer la autoridad legítima y necesaria, aún en el plano coercitivo a fin de asegurar el bien común», al que se supedita el de los individuos. Nunca explicaron de dónde provenía esa alegada legitimidad. Sentenciaron eso sí, que no podía reclamarse el ejercicio pleno de los Derechos Humanos y pidieron comprensión hacia el gobierno militar.

Palabras más, palabras menos, el Episcopado siempre dio explicaciones ambiguas que no alteraron su conducta. El 10 de Abril de 1978 el Episcopado almorzó con Videla, a quién interesó por los detenidos-desaparecidos, incluidos varios sacerdotes. A lo cual Videla respondió: «Sería más obvio decir que ya están muertos, se trataría decir de pasar una línea divisoria y estos están desaparecidos y no están». Así de simple.

El Arzobispo de La Plata, Antonio Plaza era capellán de la Policía, con el grado de Comisario. Los detenidos desaparecidos, torturados y sometidos a simulacros de fusilamiento en la Guardia de Infantería de La Plata, lo conocieron cuando acompañaba al nefasto General Ramón Camps en su visita donde estaban los prisioneros atados a las camas con alambre. Plaza repartía medallitas y aconsejaba que confesaran lo que podían saber a cambio de morigerar las torturas. El sacerdote Emilo Graselli, secretario general del Vicariato Castrense, mantenía una estrecha relación con los marinos de la ESMA, y debajo de su sotana «portaba un arma». El jefe de Inteligencia del Grupo de tareas de la ESMA, decía que hablaba con Jesús: «Si Él dice que tienes que morir, te doy un pentonaval y te vas para arriba».

El Teniente Coronel José Luis Picciuolo, a cargo de las relaciones con la Iglesia, postulaba que obispos y religiosos adictos viajaran al Vaticano para informar al Santo Padre de la «seria preocupación que el gobierno tiene con respecto a los derechos humanos. El principal de ellos era Primatesta (quien desayunaba en la curia cordobesa con el genocida General Luciano Benjamín Menéndez), quien luego de firmar el crítico documento de Mayo de 1977 partió a Roma a explicarle al Papa que no debía tomárselo al pie de la letra, así como las denuncias de las congregaciones y sacerdotes.

También informó al Papa Pablo VI de la participación de sacerdotes del tercer mundo en la guerrilla. Según Primatesta, el Papa tenía una «cálida» opinión de Videla.

En 1977 Videla creó una asignación mensual vitalicia, equivalente al 70% de la remuneración de un juez Nacional, para todos los obispos y arzobispos al cesar en sus cargos. Dos años después aumentó a 80% esa canonjía.

Por otra parte, la designación del abogado y hombre de negocios democristiano José Alfredo Martínez de Hoz como ministro de Economía es una huella profunda de la complicidad eclesiástica con la dictadura. Como miembro directivo de la ACDE, Martínez de Hoz tenía un nexo directo con el Episcopado, que creó esa entidad para evangelizar el mundo de los negocios bajo la guía de un sacerdote. ACDE edita la Revista Empresa. En Julio de 1975, Martínez de Hoz publicó un artículo sobre la empresa privada y el Estado, ya en plena conspiración. Con el Ministro llegó Alberto Emilio Solanet Estrada, presidente de la Corporación de Abogados Católicos y de la Asociación de Abogados por la Justicia y la Concordia, que considera como venganza los juicios por Delitos de Lesa Humanidad contra los responsables de la dictadura y reclama una nueva amnistía. Ambas entidades son de creación episcopal (teléfono Victoria Villarruel).

Como embajador en las Naciones Unidas fue designado Mario Amadeo, fundador de la Unión Federal Cristiana y uno de los colaboradores de Monseñor Caggiano. Fue el inspirador del Decreto que dio por muertos a los detenidos-desaparecidos. Miguel Ángel Iribarne era director de «Verbo Divino», en la que afirma que la guerra es religiosa e ignorarlo es resignarse a perderla». Un miembro de una poderosa familia terrateniente, y propietaria del Banco de Galicia, «Raaffy» Braun Cantilo, era muy amigo del subsecretario de Agricultura de Martínez de Hoz, Jorge Zorreguieta, que fue invitado a leer un mensaje bíblico por la Princesa Máxima en la ceremonia de bodas con el Príncipe Protestante de Holanda, Guillermo. Pero fue desafectado por su complicidad con la dictadura.

Esa activa complicidad con el estado terrorista genera interrogantes jurídicos acerca de la responsabilidad civil de la Iglesia y penal de sus autoridades. En la Argentina ha sido condenado a prisión perpetua el sacerdote Christian Von Wernich, están bajo procesos los sacerdotes Miguel Regueiro, Eugenio Zitelli y José Eloy Mijalchyk, todos ellos capellanes castrenses o policiales que asistieron a sesiones de torturas y/o presionaron a los detenidos para que contaran lo que sabían.

Las convenciones internacionales en materia de Derechos Humanos sancionan en forma expresa la facilitación o contribución para la comisión de crímenes de lesa humanidad.

El apoyo político de la jerarquía católica fue fundamental para el plan represivo de la dictadura, que actuó invocando los valores occidentales y cristianos, en aplicación de una guerra contra revolucionaria inspirada en la Teoría de Santo Tomás de Aquino. El Episcopado calló, aún cuando conocía en detalle los métodos criminales utilizados, incluso contra obispos y sacerdotes, y colaboró en el ocultamiento y la falsificación de los acontecimientos. Obtuvo a cambio beneficios que van más allá del sostenimiento del culto previsto por la Constitución. Como ser designación de cargos prominentes del gobierno de laicos, próximos al Episcopado, desgravaciones impositivas para bienes ajenos al culto o la enseñanza. Pasajes aéreos dentro y fuera del país, estipendios extraordinarios para algunos dignatarios, asignaciones dinerarias para obispos, sacerdotes, seminaristas, bienes inmuebles en lugares de alta cotización inmobiliarias, o sea una complicidad integral.